各位看官大家好！新一期空间代谢组Q&A又来了！在上一期中，我们介绍了空间代谢组学中的分辨率（点击阅读）。这一期，我们将为大家介绍说明空间代谢组学中的离子峰数量问题。
1.空间代谢组和传统LC-MS代谢组的离子峰数有什么差别？
一般情况下提到的空间代谢组学离子峰数，是分析整张切片过程中所有被检测到的离子峰数量。空间代谢组图像中的每个像素点由质谱成像系统独立检测产生，所以每个像素点都会有自己的代谢组信息，选择不同的区域（像素集）会对应不同的离子峰数量。而传统的LC-MS代谢组，一个样本上机检测到离子峰数量是固定的，两者所有区别。
2.输出的离子峰数量是否是越多越好？
不是，尽管检测到的离子峰数量是评价空间代谢结果的重要指标，但空间代谢组学检测中很大一部分离子峰源自噪音和离子碎片，该类峰没有实际意义，属于无效峰，所以单纯计算总离子峰数量没意义，属于冗余信息需要过滤处理。
图 无效离子峰对应分子成像图
3.如何过滤掉无效峰？
深度空间代谢组学基于质谱成像数据主流分析软件MetaboscapeTM对数据集进行了过滤。其主要处理判断原则是代谢物在组织和细胞中会存在丰度差异，但分布应该具有普遍性。所以判断一个离子峰是否有效，可以考虑其在整个区域中的分布、信号强度等信息，并建立阈值进行筛选。经过数据过滤处理，我们得以确保交付项目结果中均是有效离子峰的成像图，从而避免老师们在数据分析时产生误导。
图 某实测项目在不同阈值下离子峰数展示
4.深度空间代谢组过滤之后的离子峰数量是否符合分析要求？
目前深度空间代谢在过滤掉大量低质量无效峰后，仍然表现了出优异的通量。根据组织类型不同，过滤后的离子峰数最高近3000个，平均约1800个，是您值得信赖的空间代谢组学分析产品。
小结：空间代谢组学的数据是一种高维数据集，由大量空间坐标和代谢组数据构成，相当于数万个样本进行代谢组学数据分析，不可避免会产生冗余离子峰信息，所以评价和使用数据前，不仅要评价离子峰的数量，同时更要考虑离子峰质量。
小结：空间代谢组学的数据是一种高维数据集，由大量空间坐标和代谢组数据构成，相当于数万个样本进行代谢组学数据分析，不可避免会产生冗余离子峰信息，所以评价和使用数据前，不仅要评价离子峰的数量，同时更要考虑离子峰质量。